Der Ort war schon früh besiedelt. 1906 machte man ein fränkisches Gräberfeld in den Fluren "In den Gräbern" und  "Auf dem Kocheberg" ausfindig. Rund sechs Jahrzehnte später wurde es noch spektakulärer. 1968 wurde bei Ausschachtungsarbeiten für ein neues Haus in südlicher Ortslage ein Siedlungsplatz eiszeitlicher Jäger entdeckt, der etwa aus der Zeit um 12.000 v. Chr. stammt. Die in den darauffolgenden Jahren durchgeführten Ausgrabungen brachten aufschlussreiche Erkenntnisse über diesen Siedlungsplatz.

Der Dorfname kommt im Lauf der Jahrhunderte in verschiedenen Versionen vor. Über die Entwicklung des Ortes während des Mittelalters liegt nur spärliches Quellenmaterial vor. Zu den herrschaftlichen Höfen gehörte auch der sogenannte Beunehof an der Ecke Feldkircher Straße/An der Linde. Heutzutage sind von der ehedem burgähnlichen Anlage nur noch Reste vorhanden (fachwerkverziertes Wohnhaus). Der Keller des Gebäudes diente im II. Weltkrieg als Luftschutzraum. Eine in unmittelbarer Nähe des Beunehofes stehende alte Gerichtslinde wurde 1952 gefällt und durch eine junge ersetzt, die bald schon dem Verkehr im Wege war und an den ev. Kindergarten in Gönnersdorf versetzt wurde. Noch bis 1898 mussten Brautpaare aus Gönnersdorf oder Hüllenberg durch eine Ehrenpforte hindurch, die zwischen der Linde und dem gegenüberliegenden Haus errichtet worden war.

Gönnersdorf hat sich in letzter Zeit ziemlich ausgebreitet. Mit den Nachbargemeinden ist es durch zahlreiche Neubauten allmählich so verschmolzen, dass die einstigen Dorfgrenzen kaum noch auszumachen sind.